transparent gif

 

Ej inloggad.

Göteborgs universitets publikationer

Scan-o-matic: High-Resolution Microbial Phenomics at a Massive Scale

Författare och institution:
Martin Zackrisson (Institutionen för kemi och molekylärbiologi); Johan Hallin (-); Lars-Göran Ottosson (Institutionen för kemi och molekylärbiologi); Peter Dahl (Institutionen för kemi och molekylärbiologi); Esteban Fernandez-Parada (Institutionen för kemi och molekylärbiologi); Erik Ländström (Institutionen för kemi och molekylärbiologi); Luciano Fernandez-Ricaud (Institutionen för marina vetenskaper); Petra Kaferle (-); Andreas Skyman (Institutionen för rymd- och geovetenskap, Plasmafysik och fusionsenergi, Chalmers); Simon Stenberg (Institutionen för kemi och molekylärbiologi); Stig Omholt (-); Uros Petrovic (-); Jonas Warringer (Institutionen för kemi och molekylärbiologi); Anders Blomberg (Institutionen för marina vetenskaper)
Publicerad i:
G3: Genes, Genomes, Genetics, 6 ( 9 ) s. 3003-3014
ISSN:
2160-1836
Publikationstyp:
Artikel, refereegranskad vetenskaplig
Publiceringsår:
2016
Språk:
engelska
Fulltextlänk:
Sammanfattning (abstract):
The capacity to map traits over large cohorts of individuals—phenomics—lags far behind the explosive development in genomics. For microbes, the estimation of growth is the key phenotype because of its link to fitness. We introduce an automated microbial phenomics framework that delivers accurate, precise, and highly resolved growth phenotypes at an unprecedented scale. Advancements were achieved through the introduction of transmissive scanning hardware and software technology, frequent acquisition of exact colony population size measurements, extraction of population growth rates from growth curves, and removal of spatial bias by reference-surface normalization. Our prototype arrangement automatically records and analyzes close to 100,000 growth curves in parallel. We demonstrate the power of the approach by extending and nuancing the known salt-defense biology in baker’s yeast. The introduced framework represents a major advance in microbial phenomics by providing high-quality data for extensive cohorts of individuals and generating well-populated and standardized phenomics databases
Länk till sammanfattning (abstract):
Ämne (baseras på Högskoleverkets indelning av forskningsämnen):
NATURVETENSKAP ->
Biologiska vetenskaper ->
Biokemi och molekylärbiologi ->
Biokemi ->
Funktionsgenomik
NATURVETENSKAP ->
Biologiska vetenskaper ->
Mikrobiologi
NATURVETENSKAP ->
Biologiska vetenskaper ->
Genetik
TEKNIK OCH TEKNOLOGIER ->
Industriell bioteknik ->
Bioteknisk apparatteknik
TEKNIK OCH TEKNOLOGIER ->
Industriell bioteknik ->
Annan industriell bioteknik ->
Bioanalytisk teknik
Nyckelord:
phenomics, micro biology, genetics, high throughput, mutant, screening, open source, FOSS
Chalmers fundament:
Grundläggande vetenskaper
Postens nummer:
241679
Posten skapad:
2016-09-13 07:52

Visa i Endnote-format

Göteborgs universitet • Tel. 031-786 0000
© Göteborgs universitet 2007