transparent gif

 

Ej inloggad.

Göteborgs universitets publikationer

FARAO: the flexible all-round annotation organizer

Författare och institution:
Rickard Hammarén (Institutionen för biomedicin, avdelningen för infektionssjukdomar); Chandan Pal (Institutionen för biomedicin, avdelningen för infektionssjukdomar); Johan Bengtsson-Palme (Institutionen för biomedicin, avdelningen för infektionssjukdomar)
Publicerad i:
Bioinformatics, Epub ahead of print
ISSN:
1367-4803
E-ISSN:
1367-4811
Publikationstyp:
Artikel, refereegranskad vetenskaplig
Publiceringsår:
2016
Språk:
engelska
Fulltextlänk:
Sammanfattning (abstract):
Summary: With decreasing costs of generating DNA sequence data, genome and metagenome projects have become accessible to a wider scientific community. However, to extract meaningful information and visualize the data remain challenging. We here introduce FARAO, a highly scalable software for organization, visualization and integration of annotation and read coverage data that can also combine output data from several bioinformatics tools. The capabilities of FARAO can greatly aid analyses of genomic and metagenomic datasets. Availability and Implementation: FARAO is implemented in Perl and is supported under Unix-like operative systems, including Linux and macOS. The Perl source code is freely available for download under the MIT License from http://microbiology.se/software/farao/.
Ämne (baseras på Högskoleverkets indelning av forskningsämnen):
NATURVETENSKAP ->
Data- och informationsvetenskap ->
Bioinformatik (beräkningsbiologi)
NATURVETENSKAP ->
Biologiska vetenskaper ->
Bioinformatik och systembiologi
NATURVETENSKAP ->
Biologiska vetenskaper ->
Annan biologi ->
Funktionsgenomik
Nyckelord:
Annotation, Genomics, Metagenomics, Visualization
Postens nummer:
240555
Posten skapad:
2016-08-22 09:51
Posten ändrad:
2016-08-22 11:15

Visa i Endnote-format

Göteborgs universitet • Tel. 031-786 0000
© Göteborgs universitet 2007