transparent gif

 

Ej inloggad.

Göteborgs universitets publikationer

System-scale network modeling of cancer using EPoC

Författare och institution:
Tobias Abenius (Institutionen för matematiska vetenskaper, matematisk statistik, Chalmers/GU); Rebecka Jörnsten (Institutionen för matematiska vetenskaper, matematisk statistik, Chalmers/GU); Teresia Kling (Institutionen för medicin); Linnéa Schmidt (Institutionen för medicin); José Sánchez (Institutionen för matematiska vetenskaper, Chalmers/GU); Sven Nelander (Institutionen för medicin)
Publicerad i:
Advances in Experimental Medicine and Biology, 736 ( 5 ) s. 617-643
ISSN:
0065-2598
Publikationstyp:
Artikel, refereegranskad vetenskaplig
Publiceringsår:
2012
Språk:
engelska
Fulltextlänk:
Sammanfattning (abstract):
One of the central problems of cancer systems biology is to understand the complex molecular changes of cancerous cells and tissues, and use this understanding to support the development of new targeted therapies. EPoC (Endogenous Perturbation analysis of Cancer) is a network modeling technique for tumor molecular profiles. EPoC models are constructed from combined copy number aberration (CNA) and mRNA data and aim to (1) identify genes whose copy number aberrations significantly affect target mRNA expression and (2) generate markers for long- and short-term survival of cancer patients. Models are constructed by a combination of regression and bootstrapping methods. Prognostic scores are obtained from a singular value decomposition of the networks. We have previously analyzed the performance of EPoC using glioblastoma data from The Cancer Genome Atlas (TCGA) consortium, and have shown that resulting network models contain both known and candidate disease-relevant genes as network hubs, as well as uncover predictors of patient survival. Here, we give a practical guide how to perform EPoC modeling in practice using R, and present a set of alternative modeling frameworks.
Ämne (baseras på Högskoleverkets indelning av forskningsämnen):
NATURVETENSKAP ->
Matematik ->
Sannolikhetsteori och statistik ->
Matematisk statistik
NATURVETENSKAP ->
Biologiska vetenskaper ->
Biokemi och molekylärbiologi ->
Cell- och molekylärbiologi ->
Molekylärbiologi
NATURVETENSKAP ->
Biologiska vetenskaper ->
Bioinformatik och systembiologi
NATURVETENSKAP ->
Biologiska vetenskaper ->
Annan biologi ->
Funktionsgenomik
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP ->
Medicinska grundvetenskaper ->
Cell- och molekylärbiologi ->
Cellbiologi
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP ->
Medicinska grundvetenskaper ->
Cell- och molekylärbiologi ->
Morfologi ->
Tumörbiologi
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP ->
Medicinska grundvetenskaper ->
Cell- och molekylärbiologi ->
Patologi ->
Molekylär medicin
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP ->
Medicinska grundvetenskaper ->
Mikrobiologi inom det medicinska området ->
Mikrobiologi ->
Medicinsk mikrobiologi
Chalmers styrkeområden:
Livsvetenskaper
Postens nummer:
156835
Posten skapad:
2012-04-19 11:43
Posten ändrad:
2016-08-19 10:31

Visa i Endnote-format

Göteborgs universitet • Tel. 031-786 0000
© Göteborgs universitet 2007